Рассказы отца о кибервселенной волнуют маленького Сэма. Очередная сказка обрывается внезапно, а интрига продержится слишком долго для малыша. В роковую ночь Кевин Флинн бесследно исчезает, оставив сыну только поверхностные подсказки о своем местонахождении. 20-летнее молчание обрывается загадочным сообщением от пропавшего мужчины. Сэм спешит на зов о помощи, но вовлекается в интриги виртуального бунтаря. Расчетливый киберклон Клу холодно приветствует желанного гостя. Хозяину виртуального пространства страстно хочется выбраться за пределы обозримых владений.

«Трон: Наследие» раскрывает секреты созданного Флинном-старшим мира. Здесь единственным живым изоморфом остается бесстрашная Кворра. Именно она становится надежной проводницей молодого героя по закоулкам виртуального царства. Сэму необходимо вызволить из кибернетической ловушки состарившегося отца, положив конец тирании Клу. Пользователи особенно уязвимы в выдуманной вселенной, а программы наподобие Клу оснащены полным арсеналом оружия. Наследнику империи Флиннов хочется поскорее вызволить из замкнутого пространства отца и Кворру. Но вселенная и ее повелитель Клу всячески противятся переменам, желая устранить соперников.